سازمان گمرک یکی از مهم‌ترین و تأثیرگذارترین دستگاه‌های اجرایی در کشور است که مسئولیت کنترل و مدیریت مبادی خروجی و ورودی کالاها را به عهده دارد. اسناد تاریخی نشان دهنده ثبت کالاهای ورودی و اختصاص حقوق معین بر آنها و همچنین معافیت صادرات از پرداخت حقوق گمرک است. در عصر کنونی هم سازمان گمرک از سال ۱۳۴۵ به عنوان یکی از سازمان‌های وابسته به وزارت امور اقتصاد و دارایی به فعالیت خود ادامه داده و به طور قانونی فقط نقش تطبیق واردات و صادرات را با مقررات وضع شده برای واردات کالا و صادرات دارد.
گمرک جمهوری اسلامی ایران با اتصال به پنجره ملی خدمات دولت هوشمند خدمات گمرکی را به‌صورت یکپارچه، سریع و آسان و برخط در دسترس عموم مردم، تجار و فعالین اقتصادی کشور قرار می‌دهد و احراز هویت یکپارچه کاربران به‌منظور دریافت خدمات الکترونیکی بدون نیاز به ورود و احراز هویت مجدد در سامانه‌‌‌های گمرک قابل انجام است.